К моменту окончания существования СССР из 84 Ту-95МС  25 числились в составе 1006-го тбап (тяжёлый бомбардировочный авиационный полк) в Узине, а еще 3 находились на 148-ом авиаремонтном заводе в г. Белая Церковь, то есть на территории Украины оказалось 33% всех советских бомбардировщиков этого типа.

Последний Ту-95МС бортовой номер 31, предназначенный для переделки в экологический разведчик. Аэр. Кульбакино, 2011 г.

В рамках программы коллективного снижения угрозы – Cooperative Threat Reduction, известной также как программа Нанна-Лугара, контракт № DSWA01-98-C-0117 от 12 июня 1998 г. «Ликвидация стратегических авиационных комплексов (САК) Ту-95МС, Ту-160 и крылатых ракет воздушного базирования (КРВБ) в Украине» с начальной суммой в  1,5 млн. долл. был подписан с американской  компанией «Raytheon Technical Services Co.».

16 ноября 1998 г. Украина приступила к выполнению контракта, разрезав в присутствии американцев с использованием их оборудования один Ту-95МС (бортовой номер 03).

8 сентября 1999 г. в Ялте было подписано межправительственное соглашение между Украиной и Россией про обмен 8 Ту-160, 3 Ту-95МС, 575 крылатых ракет Х-55СМ и аэродромного оборудования в уплату украинского долга за поставленный природный газ на сумму 285 млн. долл. 6 ноября 1999 г. первый Ту-95МС (бортовой номер 100) с Узина перелетел на аэродром Энгельс.

Также на территории Украины было утилизировано пять российских бомбардировщиков – 3 типа Ту-95МС (бортовые номера 15, 24 и 25) и 2 типа Ту-95К22 (бортовые номера 02 и 05) , находившихся на авиаремонтном заводе в г. Белая Церковь, согласно «Соглашению между Кабинетом Министров Украины и правительством Российской Федерации о ликвидации и порядке возврата авиационной техники, находящейся на ремонтных предприятиях Министерства обороны Украины и Министерства обороны Российской Федерации», подписанному 1 июля 2003 г. Этому предшествовало требование со стороны Украины оплатить затраты на их ремонт в размере 14 млн. долл.

Любопытно, что украинский парламент принял Закон Украины «О ратификации Соглашения …» лишь 22 сентября 2004 г., российский и вовсе ратифицировал этот документ 5 июля 2007 г., а сами самолеты фактически были уничтожены еще до его подписания.

Соглашением также предусматривался возврат в Российскую Федерацию демонтированных агрегатов и авиационных двигателей (8 НК-12МП  и   8 НК-12МВ из г. Белая Церковь, а также 17 двигателей типа НК-12 с АРЗ г. Конотоп) на общую сумму более 100 млн. руб., а еще 5 НК-12 утилизировались на металлолом, оцененный в 189,0 тыс. руб. Реализация полученного в результате утилизации самолетов металлолома принесла российской стороне доход в размере еще 2,175 млн. руб.

Уничтожение последнего из 28 Ту-95 прошло 17 мая 2001 г. в ходе торжественной церемонии на аэродроме Узин в Киевской области. Еще один украинский Ту-95МС (бортовой номер 01) после демилитаризации был установлен в музее на аэродроме Полтава, а два бывших ракетоносца Ту-95МС (бортовые номера 31 и 95) должны были быть переоборудованы в самолёты для экологической разведки, для чего их в ноябре 2000 г. перегнали на аэродром Николаевского авиаремонтного предприятия «НАРП».

Именно эти два оставшихся бомбардировщика и оказались неоднократными возмутителями спокойствия, так и не взлетев ни разу на экологический мониторинг. В конце сентября 2010 г. на электронной торговой площадке в Великобритании был выставлен лот с первоначальной ценой в 10 млн. фунтов стерлингов, включающий «самолет  Ту-95МС, находящийся в графстве Cambridgeshire (Великобритания)». Правда, на приложенных фотографиях специалисты немедленно опознали родные пейзажи украинского аэродрома Кульбакино, где находится Николаевское авиационное ремонтное предприятие, а по полустертым опознавательным знакам его принадлежность к ВВС Украины.

Впрочем, лот вскоре был снят с продажи, а 6 марта 2014 г. история повторилась. На этот раз за выставленный на аукционе eBay подержанный стратегический бомбардировщик Ту-95МС просили всего 3 млн. долл., а заявленная в качестве продавца компания со штаб-квартирой в швейцарском г. Люцерна и представительствами в Германии, Швейцарии и Украине обязывалась доставить самолет в порт Одессы или Николаева для последующего самовывоза. При этом отмечалось, что лот может быть продан в любую страну мира за исключением 47 государств, перечисленных в отдельном списке, в том числе ряд стран СНГ, Прибалтики, Африки, Центральной Америки, Океании, Израиля, Мексики, Белоруссии, Хорватии, Венгрии, Латвии, Македонии, Черногории, Словакии, Венгрии и России.

На странице eBay сообщалось, что самолет был построен в 1987 г. и имеет большой остаток ресурса (454 часа 24 минуты из общего в пять тысяч часов), однако без предварительной подготовки взлететь он не сможет. Помимо краткого описания выставленного на продажу Ту-95МС продавец опубликовал полную англоязычную версию статьи о бомбардировщиках такого типа. Следует отметить, что на фотографиях лота был показан законсервированный самолет Ту-95МС ВВС Украины, а также этапы его утилизации, включая демонтаж двигателей, оборудования и разделку крыла.

11 июня 2013 г. «Товарная биржа «Земельно-Универсальная биржа» по поручению ГП «Спецтехноэкспорт» провела конкурс с открытостью предложения цены по принципу аукциона по продаже военного имущества: двух Ту-95МС 1987 г. выпуска, 4 категории с общей стартовой ценой лота в 4,103 млн. грн., находящихся на ГП «Николаевский авиаремонтный завод «НАРП».
По мнению украинских специалистов после реализации самолеты были порезаны на металлолом, готовые и покупные комплектующие изделия проданы в качестве запчастей в Россию и Индию, которые имеют на вооружении аналогичные самолеты типа Ту-95 и Ту-142, что уже принесло гораздо большую сумму, чем гривневый эквивалент полумиллиона долларов. Однако наиболее привлекательными были восемь двигателей НК-12МП, которые могли быть использованы в качестве приводов для газоперекачивающих установок НК-14СТ-8 и НК-14СТ-10. Цена подобных изделий составляла не менее 1-1,5 млн. долл. за штуку.

По предварительной информации Генпрокуратуры, самолеты были реализованы во второй половине 2013 г. – январе 2014 г., при этом не обошлось без участия спецэкспортера и военного ведомства. Согласно ее же оценкам, предварительный ущерб государству оценивается в размере около 7 млн. ​​грн. (в ценах 2013 г.). В каждом из таких самолетов в деталях и электрооборудовании содержалось примерно 28 кг драгоценных металлов, включая золото. Если же принять  во внимание возможную перепродажу агрегатов и запчастей, размер ущерба возрастет в десятки раз.

Военной прокуратурой Украины 6 июля 2015 г. зарегистрировано производство и начато досудебное расследование по факту реализации в 2013 г. должностными лицами Министерства обороны Украины двух экологических самолетов-разведчиков (на базе бывших стратегических бомбардировщиков Ту-95МС) по цене металлолома, в результате фальсифицированного отчета об оценке самолетов коммерческой структурой (ч. 2 ст. 364 УК Украины (злоупотребление служебным положением). Кроме того, под подозрение попали концерн «Укроборонпром», госпредприятие «Николаевский авиаремонтный завод« НАРП», Центр учета избыточного военного имущества Вооруженных Сил Украины, ГП ГХВП «Спецтехноэкспорт», ООО «Авто-Трейд Украина», ООО «Оптима» и «Товарная биржа «Земельно-Универсальная биржа».

Прокуратура вместе с самолетами ищет их комплектующие, техдокументацию и другие документы, связанных с реализацией, осмотром, оценкой, ремонтом, разукомплектованием, хранением, оплатой услуг и транспортировкой указанных самолетов. Произведена выемка договора комиссии об отчуждении и реализации военного имущества на внутреннем рынке от 10 июня 2013 г., договора купли-продажи от 12 июня 2013 г., акта приема-передачи ГП ГХВП «Спецтехноэкспорт» к ООО «Авто-Трейд Украина» Ту-95МС от 12 июля 2013 г., акта приема-передачи ГП ГХВП «Спецтехноэкспорт» в ГП «НАРП» самолета Ту-95МС и авиадвигателей от 21 января 2014 г., доверенностей ГП ГХВП «Спецтехноэкспорт» на физлицо от 5 июля 2013 г. на получение от ГП «НАРП» ценностей от 10 июня 2013 г., техдокументации к самолетам, служебной переписке Центра учета избыточного военного имущества ВСУ по поводу отчуждения самолетов и документам, подтверждающим зачисление средств от реализации.